Huzursuz bağırsak sendromunda genelde gıda intoleransı, enfeksiyon, günlük beslenme, stres, ilaç kullanımı, alkol ve sigara kullanımı ile ailedeki sağlık öyküsü faktörleri etkili olur. Huzursuz bağırsak sendromunu oluşturan diğer nedenler ise şu şekilde sıralanır:
- Sinir sistemine bağlı olarak gelişen anormallikler: Sinir sistemi vücudun sindirim sürecinde meydana gelen değişikliklere tepki verebilir. Bu da ağrı, ishal ve kabızlığa neden olur.
- Bağırsak kaslarında kasılma: Normalden daha uzun süren ve şiddetli oluşan kasılmalar gaz, şişkinlik ve ishale sebebiyet verebilir. Zayıf kasılmalar ise gıda geçişini yavaşlatabileceği için kabızlığa yani sert, kuru dışkıya yol açabilir.
- Bağırsaklarda enfeksiyon (divertikül): Gastroenterite neden olan bakteri veya bir virüs, ishale neden olur.
- Bağırsaktaki bakteri dengesizliği: İrritabl bağırsak sendromu yaşayan kişilerde yararlı bakteri oranında farklılık olduğu gözlenmiştir.
- Serotonin seviyeleri: Kolonda ki anormal serotonin seviyeleri de bağırsak hareketlerini etkilemektedir.